Aufgrund der technischen Vorteile, die Untersuchungen direkt am Erbmaterial bieten ^{[ 17, 10 ]} und der Tatsache, dass sie heutzutage die am weitesten verbreiteten Untersuchungsmethoden zur Vaterschaftsanalytik sind ^{[ 15, 16 ]}, wird auf die RFLP- und STR-Methoden im Folgenden genauer eingegangen.

Die Erbinformationen sind auf der DNA (deutsch: Desoxyribonucleinsäure; A steht für (englisch) acid - deutsch: Säure) gespeichert. Die DNA des Menschen ist in 23 Abschnitte unterteilt und hauptsächlich in Chromosomen organisiert. Jeder Mensch hat in jeder Zelle 2 mal 22 Chromosomen plus 2 geschlechtsbestimmende Chromosomen (X- bzw. Y-Chromosom). Bei der Zeugung findet eine Neumischung des Erbmaterials statt, wobei immer die Hälfte der Erbinformation von der Mutter, die andere Hälfte vom Vater stammt ^{[ 26, 40 ]}. Für die Abstammungsanalytik sind die Abschnitte der DNA interessant, die keine Informationen für Gene (also Erbinformationen für Körpermerkmale) tragen - jedoch von Mensch zu Mensch sehr unterschiedlich sind ^{[ 43 ]}. Wegen der möglichen eindeutigen Zuordnung dieser Abschnitte zu einem Menschen, werden diese populärerweise als "Genetischer Fingerabdruck" bezeichnet ^{[ 18 ]}. Weiterhin wird die Struktur dieser Abschnitte nach den Mendelschen Gesetzen vererbt ^{[ 43 ]}.

Steht einem Untersucher Blut von Mutter, Kind und Vater zur Verfügung, kann exakt bestimmt werden, welche dieser Abschnitte das Kind vom Vater, und welche von der Mutter geerbt hat. Dabei ist es nicht nötig, alle Abschnitte der DNA zu untersuchen, um eine klare Aussage über die Abstammung machen zu können. Es reichen einige verschiedene, aber gut erforschte Bereiche auf verschiedenen DNA-Abschnitten (verschiedenen Chromosomen) aus. Spontane Veränderungen des Erbmaterials während der Vererbung (sog. Mutationen) sind sehr selten und treten nur dann gehäuft auf, wenn mindestens ein Elternteil regelmäßig starken Medikamenten oder Strahlung ausgesetzt war oder wenn die beiden Elternteile in einem sehr engen verwandtschaftlichen Verhältnis zueinander stehen ^{[ 10 ]}.