Insgesamt könnte an diesem Punkt der Eindruck entstehen, dass mittels eines genetischen Vaterschaftstest in jedem Fall und unproblematisch die biologische Vaterschaft eindeutig geklärt werden könnte. Ist von allen Beteiligten (Mutter, Kind, biologischer Vater, Infragekommende Scheinväter) Untersuchungsmaterial (Blut) vorhanden, ist dies auch möglich – eine Ausnahme gäbe es nur dann, wenn es zwischen 2 möglichen Vätern zu unterscheiden gälte, die eineiige Zwillinge sind (hier versagen alle derzeit bekannten Tests) ^{[ 18, 13 ]}.

Uneinigkeit herrscht jedoch über den zu betreibenden Aufwand für einen Vaterschaftstest. Zwar legt die Arbeitsrichtlinie für die in Deutschland zugelassenen Sachverständigen für Abstammungsgutachten fest, dass eines der Testverfahren (Blutguppen- bzw. HLA-Analytik, RFLP- oder STR-System) alleinig ausreichend sei, ein fundiertes Abstammungsgutachten zu erstellen ^{[ 6 ]}, doch unter vielen Autoren und Gutachtern herrscht die Auffassung, dass dies nicht ausreichend ist ^{[ z.B.: 11, 28, 4, 13 ]}.

Belegt wird diese Skepsis durch eine Untersuchung der Universitäten Greifswald und Schleswig-Holstein aus dem Jahr 2006. Anhand von Blut- und Speichelproben (je nach Vorhandensein) wurden 336 Kinder und 348 Männer untersucht, wobei keiner der untersuchten Männer der biologische Vater eines der Kinder war. Angewandt wurde ausschließlich die STR-Methode. Das Ergebnis war verblüffend: einer der untersuchten Männer konnte nach den geltenden Minimalanforderungen nicht mit ausreichender Sicherheit als Vater ausgeschlossen werden. Weiterhin kamen bei einem Kind vier Männer mit hoher Wahrscheinlichkeit als Väter infrage. Diesem Untersuchungsausgang gingen die Forscher weiter nach und stellten fest, dass drei dieser vier Männer sogar eine höhere Vaterschaftswahrscheinlichkeit aufwiesen als der (unzweifelhaft feststehende) biologische Vater ^{[ 29 ]}